CCL18是来自β-趋化因子亚家族成员,它在N端具有-Cys-Cys-motif,主要在乳腺肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)中表达,其别名包括:CKb7、PARC、AMAC1、DCCK1、MIP-4、AMAC-1、DC-CK1和SCYA18。
在多种癌症中已经观察到CCL18的上调,例如口腔鳞状细胞癌、喉部鳞状细胞癌、卵巢上皮细胞癌、肺癌、卵巢癌和乳腺癌。
CCL18的高表达与癌症患者的较差生存率是相关的。
CCL18已经被证明在肿瘤微环境,上皮间质转化和转移、肿瘤增殖和血管生成中发挥着重要的作用。
然而,CCL18在肿瘤免疫学中的潜在机制仍不清楚。
癌症是一种涉及肿瘤与免疫系统相互作用的复杂疾病,肿瘤微环境(TME)也已被公认为癌症发生和发展的主要因素。
采用细胞疗法、治疗性疫苗、免疫检查点抑制剂等治疗策略提高了恶性肿瘤患者的存活率。
许多研究表明,TME中各种浸润性免疫细胞的积累直接关系到患者的预后和免疫治疗效果,如肿瘤相关巨噬细胞、中性粒细胞、调节性T细胞、B细胞和自然杀伤细胞等,它们可以在癌症免疫逃逸中发挥重要作用。
免疫检查点(IC)与其配体之间的相互作用负向调节参与针对特定抗原的生理免疫反应的T细胞活化途径。
ICs及其配体在各种恶性肿瘤的肿瘤微环境(TME)中经常被上调以实现肿瘤免疫逃避。
本研究分析了CCL18在泛癌中的表达模式、临床意义和预后价值。
还分析了CCL18表达与潜在分子机制、肿瘤浸润免疫细胞、免疫相关基因、免疫新抗原、免疫检查点基因、癌症中TMB和微卫星不稳定性的关系。
同时,还进行了基因集富集分析(GSEA)来研究CCL18在不同类型肿瘤中的生物学功能和信号转导通路。
从GTEx数据库(https://gtexportal.org/)获得31个正常组织的CCL18表达数据,并通过TCGA数据库(https://portal.gdc.cancer.gov/)下载所有癌症的临床信息和表达矩阵。
21个肿瘤细胞系的CCL18表达数据从CCLE数据库(https://portals.broadinstitute.org/)获得。
通过将来自theGTExdatabase的正常组织数据与theCancerGenomeAtlas(TCGA)的数据相结合,分析了癌症和正常组织之间CCL18表达的差异。
所有表达数据均通过log2转换进行标准化。
并使用limmaRpackage进行差异表达分析。
单因素回归分析被用于分析33种癌症类型中CCL18表达水平与患者预后之间的相关性。
用于患者预后的术语包括以下四个:总生存期(OS)、疾病特异性生存期(DSS)、无进展间隔期(PFI)和无疾病间隔期(DFI)。
单变量生存分析用于计算危险比(HR)和95%置信区间。
使用Log-ranktest研究了CCL18表达与临床病理特征(年龄、性别和病理阶段)的相关性。
在泛癌样本中检测6种免疫类型(C1~C6)。
调整后的P<0.05被认为是显著的。
使用CIBERSORT计算28种免疫细胞亚型的浸润比例,这是预测免疫细胞表型的工具。
使用MCPCOUNTER、QUANTISEQ、TIMER和XCELL的算法对其进行了验证。
使用ggplot2,ggpubr和ggExtraRpackages分析 CCL18表达与免疫细胞浸润之间的相关性,P<0.001被用作截止值。
使用ESTIMATEalgorithm[25]计算所有癌症组织的免疫评分、基质评分和ESTIMATE评分。
通过Spearman’smethod分析CCL18表达水平与免疫评分、基质评分和ESTIMATE评分的相关性。
P<0.05和|R|>0.3被视为筛选标准标准,并且|R|>0.6被认为是强相关的。
此外,对CCL18和免疫相关基因进行了共表达分析,包括编码主要组织相容性复合体(MHC)、免疫激活、免疫抑制、趋化因子和趋化因子受体蛋白的基因,“limma”、“reshape2”和“RColorBreyer”R包被用于结果的可视化。
使用scanneoRpackage分别统计每个肿瘤样本的新抗原数量,并分析CCL18表达与抗原数量的关系。
此外,收集了40多个免疫检查点基因,并使用Spearman统计方法分析了CCL18基因表达与免疫检查点基因表达之间的关系。
相关热图由reshape2和RColorBrewerR包绘制。
肿瘤突变负荷(TMB)作为可量化的生物标志物,可用于反映肿瘤细胞中包含的突变数量。
在这里,本研究通过theMaftoolsR包分别计算了每个肿瘤样本的TMB和MSI,并基于Spearman统计方法分析了CCL18表达与TMB和MSI之间的关系。
从TCGA数据库获得5个错配修复(MMR)基因(MLH1、MSH2、MSH6、PMS2和EPCAM)的突变水平。
Spearman统计方法用于评估CCL18表达与MMR基因突变水平之间的关系。
在本研究中,使用Spearman统计方法来估计CCL18表达与4种甲基转移酶(DNMT1、DNMT2、DNMT3A和DNMT3B)之间的关系。
可视化分析由theggplotRpackage执行。
当P<0.05和|R|>0.20时,相关性被认为是显著的。
本研究计算了不同癌症组织的50个hallmark信号通路的GSVA评分,并使用Spearman统计方法来估计CCL18表达与这些途径评分之间的相关性(FDR<0.05)。
KruskalWallistest用于分析CCL18在不同正常组织和不同肿瘤细胞系中的表达水平。
在评估肿瘤组织和正常组织中CCL18表达水平的差异时,如果数据服从正态分布,采用t检验进行统计;如果数据不服从正态分布,采用Wilcoxon秩和检验。
使用Log-ranktest研究了CCL18表达与临床病理特征(年龄、性别和病理阶段)的相关性。
采用Univariatesurvival分析CCL18表达与患者生存的相关性。
当P<0.05和|R|>0.20时,被认为是显著且正相关的。
对于所有统计分析,P<0.05被认为差异具有统计学意义。
首先,本研究使用GTEx数据库分析了31个组织中CCL18的表达。
研究发现CCL18在肺癌中高表达,在骨髓、大脑、子宫颈、肌肉和其他正常组织中低表达。
此外,从CCLE数据库中下载了肿瘤细胞系的数据,并分析了21个肿瘤细胞中CCL18的表达。
研究发现CCL18在所有21种肿瘤细胞中均有表达。
结果显示,BLCA、CHOL、COAD、ESCA、GBM、HNSC、KICH、KIRC、KIRP、LGG、LIHC、PRAD、STAD、THCA和UCEC中的CCL18mRNA水平显著高于正常组织。
考虑到TCGA中正常样本数量较少。
本研究发现CCL18在24种肿瘤中存在显著差异表达,包括BLCA、BRCA、CESC、CHOL、COAD、ESCA、GBM、HNSC、KICH、KIRC、KIRP、LAML、LGG、LIHC、LUSC、OV、PAAD、PRAD、SKCM、STAD、TGCT、THCA、UCEC和UCS。
这些结果表明CCL18在人类泛癌中异常过表达。
使用TCGAdataset研究CCL18在泛癌预后中的作用。
使用单因素回归分析CCL18-relatedsurvivalOS,DSS,DFI和PFI。
结果发现,CCL18表达水平与ACC中的DFI相关,与ACC、CESC、DLBC、KIRP和UVM中的DSS相关,与ACC、DLBC和UVM中的OS相关,与ACC、CESC、KIRP和LGG中的PFI相关。
同时,CCL18在UCS、OV、SARC、COAD、STAD和LUAD的老年患者中差异高表达,而在BRCA老年患者中表达较低。
LAML、LGG、KIRP、KIRC的男性中CCL18表达较高。
此外,CCL18表达与某些癌症的肿瘤分期显著相关,包括CHOL、KICH、BLCA、THCA、COAD和KIRP。
还研究了CCL18表达与泛癌中6种免疫亚型的关联。
结果表明,CCL18与17种癌症类型的免疫亚型密切相关,包括BRCA、CHOL、UCS、KICH、PCPG、STAD、TGCT、UVM、CESE、BLCA、LIHC、UECE、SARC、COAD、READ、LUAD和LUSC。
本研究评估了CCL18表达与免疫细胞浸润,免疫相关通路,免疫微环境的关系。
使用Sangerbox在线分析平台进一步分析28种免疫细胞亚型浸润与CCL18表达的相关性。
除LAML和LGG外,CCL18表达水平与大多数浸润性免疫细胞水平显著相关,特别是在B细胞、CD4+T细胞、CD8+T细胞、树突状细胞、巨噬细胞、中性粒细胞、调节性T细胞、自然杀伤细胞和滤泡辅助T细胞中。
随后,研究了33个肿瘤中CCL18表达与免疫相关通路之间的关联。
在许多恶性肿瘤中,CCL18表达与APM,CD8T效应器、免疫检查点、PanFTBRs和TMEscoreACIR途径呈正相关,但是与碱基切除修复、细胞周期、DDR、FGFR3相关、同源重组、组蛋白、错配修复、核苷酸切除修复和WNT目标途径呈负相关。
此外,在PAAD、UVM、CHOL、COAD、READ、LUSC、ESCA、HNSC、KICH、OV、LIHC和LUAD中,CCL18表达与EMT1、EMT2、EMT3、panFTBR和TMEscoreBCIR通路呈正相关。
CCL18表达水平与除LAML、LGG以外的31种癌症的免疫评分、25种癌症类型的基质评分和除LAML、LGG、THYM以外的30种癌症类型的ESTIMATEscore呈正相关。
本研究通过基因共表达分析在33个肿瘤中评估了免疫相关基因与CCL18表达的相关性。
结果表明,除LAML和LGG外,大多数癌症中CCL18基因表达与CD244、CD274、CD96、CSF1R、CTLA4、HAVCR2、IL10、PDCD1LG2、TIGIT等免疫相关基因密切相关。
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网站的根目录一般是wwwroot或者htdocs或者public_html,系统不一样根目录不一样。自己的电脑上要看你的环境是什么。
o.谎言..╱7级2011-11-13网站的根目录是什么上面的已经说了,我补充一下,网站的根目录都在网站对应的空间里。也就是网站的服务器里。是用ftp连接该网站的空间后就能看见。 一般的网站开头都是 http 什么的。你也可以把 http 改成 ftp 以后就可以进入网站的空间文件里,当然必须该网站支持 ftp ,你也要知道网站的ftp管理帐号和密码才行。要是你把自己的电脑当服务器用的话。。。。我一直做网站用的虚拟服务器,所以自己电脑当服务器后的根目录问题就帮不了你了。。。。
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如果你是搭建的IIIS环境,那么根目录就是 c:/wwwroot
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网站的根目录是什么上面的已经说了,我补充一下,网站的根目录都在网站对应的空间里。也就是网站的服务器里。是用FTP连接该网站的空间后就能看见。 一般的网站开头都是 httP 什么的。你也可以把 http 改成 ftp 以后就可以进入网站的空间文件里,当然必须该网站支持 FTP ,你也要知道网站的FTP管理帐号和密码才行。要是你把自己的电脑当服务器用的话。。。。我一直做网站用的虚拟服务器,所以自己电脑当服务器后的根目录问题就帮不了你了。。。。
不可能,目前暂无一个软件能取代 LaTeX 排版之王的渐装固讲燃己顶地位。
当然,LaTeX 的模式并不是每个人都喜闻乐见的。
在加之微软统治下的用户恶习,使得大家更倾向于 Word 的使用。
又,题主将 Word 与 LaTeX 类比,显然阻破负存场赵助样和论文排版有关。
所以,下面,将列举一些 Word 论文排版 相关的一些技巧,权当献丑。
首先,安装 Word 2010 以上版本的 Word。
# 整体布局
## 页面布局如果是新建一个Word文件,这里「页面布局」一般不用设置了:
文字方向:从左到右;
页边距:普通(日常使用建议用适中或窄,节约用纸,提交的论文报告什么才用普通);
纸张方向:横向;
纸张大小:A4;
……
接着,在「视图」中,将「导航窗格」选上,方便不同的章节跳转导航。
## 封面与页眉页脚
基本页面设置好后,接下来是对整个论文格式进行一个简单的规划,往往是封面+内容。
### 设置封面
1、插入表格
为什么是表格呢?因为表格是一个标准格式化的布局方式,与直接手动格货紧众迫怕能庆某变码字快速方便很多。
2、插入文档部件
在建立的表格中插入文档部件——文档属性,标题、作者、单位、发布日期。
(当然可以手动输入,不过以上方式可以自动为文档加入一些额外信息,对知识产权保护有一定作用,同时便于文档管理)
格子不够则右击某个单元格,插入——在下方插入行。
3、设置格式
根据要求,设置格式,拖动表格放好位置,并选择整个表格,将对齐方式设置为全居中。
接着,选择整个表格,设计——达灯久血诗表框——无框线。
这样,据掌冷建引积提矿称一个比较正式的封面就做好了。
同理内封也是比往响安重般如此制作。
### 页眉页脚与分跑短电激算尼略搞刘节
一般来说页眉标记,页脚页码,但是封面是不需要的,于帝帝根给许密是我们利用分节符将坚亮包左案如联斤钱固之两者分开。(当然,内容和封面分两个文档制作也是可以的)
在封面的最后,页面布局——分隔符——分节符——下一页。
这样,在页眉页脚设置中就能看到效果了。
接着,我们在焦点放在第2节页眉角施烈攻脸(页脚)上,在页眉页脚设计中,将「链接到前一条页眉(页脚)」取消掉。这样,我们已古奏马但视便可以分开设置不同节的页眉页脚了。
同理设置多章节内容是也是如此。
10.20 补充:
感谢 微博知洲烟节威让肥娘料拉航友,@自然卷的木木 的提醒,
在论文中还有另一种需求,就是在页眉中添加章节名。
双击页仅州含油波如治季劳四斯眉,进入页眉编辑模态培诗州各沉你伤哥式在需要的位置,插入文档亲伯调室都要部件 —— 域
选择 StyleRef 如上图误树燃设置,即可得到在不同章显示不同的页微宽直境科眉了。
又比如单页要章,双页要节,同理。勾选奇偶页不同,分开设置即可。
## 格式设置
### 框架与自动章节号
写文章是需要一个框架的,境土低花称特别是在大量文字的报告论文中。
于是,我们首先来定这个框架,每一部分的标题,换行输入,然后在开始——样式处,选择「标题1」
同时,我们在导航窗格中清楚的看到了文字结构。当然这还不够,接着,我们将光标放在某个章节标题处,选择开始——段落——多级列表。当然,一般选择默认的即可,不过根据论文格式要求,需要自定义。
「定义新的多级列表」,将数字附近添加额外内容即可。
同理,我们在节标题(标题2)等,也如此设置。于是得到一个结构明了的文档框架了。
值得注意的,在导航窗格中,我们选中某个标题,敲击回车,便可得到一个同级的新标题,这对布局相当管用,特别是对于编了章节号的标题,它也会自动生成相同格式的章节号,并且,在这里拖动章节标题的位置,会相当智能。
### 模块与样式设置
一般来说,默认样式可以满足日常需求,但是论文要求不同,于是这些样式需要逐个修改。
这些没有固定格式,所以自行修改,注意在样式基准处,务必选择(无样式),同时这样式设置请在上一小节前进行。
同样的,像文中图表表格格式也可以通过这个预设。
## 目录引用
文章编写差不多后,需要为之添加目录,在前面的章节框架设置的基础上,我们便可以自动添加目录了。引用——目录——插入目录:
在任意位置均可添加。
需要更新目录时,右击目录内容——更新域,即可。
# 细节优化
## 图表、公式的标注
图表公式都是依靠「插入题注」和「交叉应用」。
### 图表
如上图,选中图片后,引用——单击插入题注(或者右击图片——插入题注)。新建标签——图。
章节起始样式根据需要设置。比如我们设定成标题2,这样图片便编号为 3.4.1。然后在后面输入需要内容。
表格同理,不过往往表的标记,位置需要选择为「所选项目上方」。
接着我们需要引用。单击「交叉引用」。如下选择。插入。
这样
以实现图的跳转。
### 公式
其实公式也是同理的,不过最好用一个表格将公式装起来。
选择表格,插入题注
然后我们把这个标号拷贝到表格里面。设置好格式
这样,在交叉引用中,balabala,同图表引用。
至于公式的输入,
其一,Mathtype 软件,可与 LaTeX 公式统一起来。(其实,这工具自带公式标注,不过,为了后面的功能——公式目录,标注用自带的)圈出来的是我最常用的,输入 LaTeX 公式文本后,然后选定前后段落,用这个,便可自动格式化为对应的公式。特别是在公式文字混输的时候,相当便捷,如图,使用前后。
其二,自带插入——公式。 (快捷键 Atl + = ,直接输入也可,语法其实和 LaTeX 类似,当然也可按钮操作)
其三,Win7 开始——所有程序——附件——数学输入面板。 (或者直接 Win + R 运行,mip)
### 优点
其实以上工作均可手动进行,不过如果需要添加图表目录的时候,便不得不如此做了。